Nietolerancja pokarmowa może mieć wiele symptomów i wpływać niemal na każdy organ. Pacjenci często mówią o złożonych objawach, jak bóle brzucha, bóle głowy i wysypka, ale zazwyczaj występujące objawy to również niepokój, ADHD, zatwardzenie, biegunka, bóle głowy, bezsenność, migreny, zatrzymywanie wody w organizmie, artretyzm, fibromyalgia, astma, wzdęcia, zespół chronicznego zmęczenia, depresja, nieżyt żołądka, nieswoiste zapalenia jelit, świąt skóry, problemy z kontrolą wagi, zespół nadwrażliwego jelita.

Oto lista najczęstszych objawów:

anemia
artretyzm
arytmia
astma
bezsenność
biegunki
bóle brzucha
bóle głowy
bóle lędźwiowo-krzyżowe
bóle stawów
problemy z prawidłowym rozwojem i wzrostem
celiaklia
choroby autoimmunologiczne
depresja
drażliwość
egzema
eozynofilia
fibromialgia
hipoglikemia
kaszel
kolki
krwioplucie
krwotok jelitowy
lęk
liszaj rumieniowaty układowy
migrena
moczenie nocne
mukowiscydoza (zwłóknienie torbielowate)
nadaktywność u dzieci
nadpobudliwość
napady padaczkowe
nawracające zapalenie krtani, tchawicy i oskrzeli
nawracające zapalenie ucha środkowego
niepokój
nieswoiste zapalenia jelit
nieżyt nosa
nieżyt żołądka
obrzęk naczynioruchowy
omdlenia
pokrzywka
problemy dermatologiczne
przewlekłe lub powracające infekcje (problemy z odpornością)
przewlekłe zapalenie pęcherza
przewlekły nieżyt nosa
przybieranie na wadze
reumatoidalne zapalenie stawów
sapanie
stan zapalny nerek
stwardnienie rozsiane
świąd
trądzik
utrata apetytu
wrzodziejące zapalenie okrężnicy
wymioty
wysypka
wzdęcia
zapalenie kaletki
zapalenie skóry
zapalenie zatok
zaparcia
zespół jelita drażliwego
zesztywniające zapalenie stawów kręgosłupa
złe wchłanianie pokarmu
zmęczenie chroniczne
zmiany osobowości